Le programme Mercury a utilisé trois types de lanceur, Little Joe pour les tests suborbitaux de la tour LES avec des Boiler Plate, Redstone pour les vols suborbitaux inhabités et habités et Atlas pour les vols inhabités et habités en orbite. Le missile Jupiter est proposé comme lanceur pour Mercury en octobre 1959, mais il ne vole jamais étant annulé en juillet 1959 par soucis d'économies. Il devait être capable de lancer Mercury sur une trajectoire culminant à 500 km avec une vitesse de 14 000 km-h. Cependant, quand la trajectoire a été utilisé pour les premiers tests biologique, les animaux à bord ont reçu près de 40 g d'accélération durant la rentrée, incompatible avec un vols habités.

Les vols inhabités Mercury commencent avec le lanceur Little Joe pour tester les Boiler plate Mercury. Little Joe 1 devait tester le système d'éjection (Launch Escape System) en cours de vol, mais une heure et demi avant le lancement depuis le centre de Wallop Island en Virgine le 21 août 1959, la tour d'éjection est accidentellement mis à feu propulsant la cabine à 600 m d'altitude à 600 km du pad. 

Big Joe ( Atlas 10-D) est lancé inhabité le 9 septembre 1959. L'objectif est de tester le bouclier thermique de la cabine.  Le lanceur Atlas D (628/10 D) a quelque problème pendant le vol, l'étage "booster" ne se sépare pas et reste accroché au lanceur. Le surcroît de masse oblige l'étage "sustainer" à s'éteindre 14 secondes plus tôt que prévu. La cabine n'était pas équipé d'un système de sauvetage. Le BP (1159 kg) vole sur 2292 km culminant à 145 km d'altitude. Il revient dans l'Atlantique après un vol de 13 minutes. Le vol est aussi bien un succès qu'un échec, le bouclier résiste à la rentrée et est récupéré en bon état lors de son amerrissage. Grâce aux données du vol LB 1, la NASA annule le vol BJ 2 (Atlas 20D) prévu fin 1959. Le BP est actuellement exposé au Garber Facility, National Air and Space Museum, Washington D.C.

Little Joe 6 est le suivant le 4 octobre 1959. Il s'agit d'un essai du LES du vaisseau Mercury. Il utilise un BP. LJ 6 monte à 60 km d'altitude, la cabine (1134 kg) retombe à 140 km du pad. Le vol dure 5 mn 10 s, la vitesse atteinte est de 1600 km-h avec 6g en accélération. La cabine n'est pas récupérée.

Le 4 novembre suivant est lancé Little Joe 1A. La mission répète celle du LJ1 d'août avec le même BP visant à tester un lancement avorté en condition de pression dynamique maximale. Après le lancement, la pression dynamique est atteinte à 30 secondes. Le BP (1007 kg) se sépare mais la poussée du LES n'est pas maximale, la manoeuvre n'est pas complète. Elle sera refaite. La cabine est récupéré sans problème après 8 mn 11 s de vol. L'altitude atteinte est de 14 km et la vitesse 3250 km-h.

La mission Beach Abort vise à tester le système de sauvetage de la cabine en vol LES, la tour d'éjection, les parachutes, le système d'atterrissage et les opérations de récupération dans le cas d'un vol avorté sur le pad. Le test a lieu à Wallop Island le 9 mai 1960. La cabine Mercury de 1154 kg (SC 1, le premier de série construit par Mc Donnel) équipée de son LES est mise à feu au sol. Après 1 mn 16 de vol, alors que l'apogée est de 750 m, elle retombe au large en mer. Un hélicoptère de la marine la récupère 17 mn plus tard. Le vol est un succès malgré le fait que la distance entre la cabine et sa tour ait été insuffisante. 

En 1964, la cabine est monté sur un lanceur Atlas pour le New York World's Fair. Début des années 200, la cabine est enlevé pour permettre de restaurer le lanceur et exposée New York Hall of Science, Corona Park, NY. 

Pour tester le lanceur Atlas, un BP est monté sur l'Atlas 50 D pour la mission Mercury-Atlas 1 (MA-1). La cabine n° 4 est inhabitée et équipé d'une tour LES. La mission est un vol suborbital avec rentrée du vaisseau dans l'atmosphère. La cabine (1154 kg) est aussi équipé de fusées de séparation active et de rétro-fusées factices. Le 29 juillet 1960, 'Atlas 50-D se disloque 58 secondes après son lancement à 9 km d'altitude. Les débris et les morceaux de la cabine retombent en mer. Les éléments récupérées permettent de reconstruire la fusée et la cabine pour des études. La cabine a volé 3 mn 18 s, culminant à 13 km d'altitude et à 9,6 km du Cap Canaveral. La cabine est maintenant en exposition au Kansas Cosmosphere and Space Center, Hutchinson, KS.

Little Joe 5, le 8 novembre 1960 est le premier vol de la première cabine de production Mercury SC 3. La cabine gagne 16 km d'altitude avec une vitesse de 795 m-s. Le vol dure 2 mn 22 s, l'accélération mesurée de 6g, le vaisseau n'est pas récupéré détruit en vol. 

Mercury- Redstone 1 (MR-1 LV 1) est lancé le 21 novembre 1960 du LC 5 de Cap Canaveral. Le vol a pour but tester la cabine Mercury n° 2 et le lanceur Redstone. Mais une seconde après l'allumage du moteur, il est arrêter suite à la déconnexion prématuré d'une prise ombilicale. Le lanceur reste droit sur son berceau masqué sous un nuage de fumée. A ce moment s'ensuit une série d'événements qui feront rire l'Amérique par son enchaînement.

La tour d'éjection LES s'allume laissant la cabine Mercury (1211 kg) sur le lanceur. Elle s'éloigne de 1200 m en hauteur et atterrit 365 m plus loin. Trois secondes plus tard, le container radio est éjecté et les parachutes principal et de secours déployé le long du corps de la fusée. La seule chose lancée fut la tour LES. 

Le missile est endommagé et ne sera pas réutilisé. Les techniciens devront attendre l'épuisement des batteries avant d'approcher le lanceur le lendemain. La cabine est réutilisée avec la tour LES récupéré sur la cabine n°8 et la coiffe de l'antenne de la cabine n°10 sur le vol MR 1A (lanceur Redstone LV 3). MR 1A est lancé le 19 décembre suivant du LC 5. La mission est de tester et qualifier la cabine Mercury avant son occupation par un chimpanzé. La cabine n°2 est équipé d'instrumentation et de fusées pour une rentrée dans l'atmosphère. La mission est un succès. Elle culmine à 210 km d'altitude et retombe à 397 km du Cap, récupéré 15 mn après par les hélicoptères de la Marine.  
La cabine n°2 est maintenant exposée au KSC Visitors Complex, Kennedy Space Center, Florida au Centre  Early Space Exploration.

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Mercury- Atlas 2 (MA-2) est lancé le 21 février 1961 du LC 14 de Cap Canaveral. La mission est de tester les capacités du vaisseau lors d'une rentrée dans l'atmosphère en condition extrême et d'injecter la cabine parfaitement sur orbite. Le lanceur Atlas 67-D utilisé est renforcé au niveau de ses réservoirs de carburant afin d'éviter les problèmes lors des vols MA 1 et 2. L'apogée visé est de 183 km, la vitesse de 21 290 km-h. la cabine n° 6 (1154 kg) est récupérée en bon état à 2300 km des cotes. Elle est maintenant exposée au Houston Museum of Natural Science, Houston, TX.

Little Joe 5A est lancé le 18 mars 1961 pour tester la tour LES au sommet du SC 14 Il atteint 12 km d'altitude. La mission dure 5 mn 25 s. L'accélération mesurée est de 8g. 

Mercury-Redstone BD est un vol de développement pour le lanceur Redstone LV 5. Il est lancé le 24 mars 1961 du LC 5 avec à son sommet un BP Mercury. Après les problèmes du vol MR 2 avec le chimpanzé Ham, un vol d'essai du lanceur est demandé avant qu'un autre passager ne soit lancé. Von Braun ajoute ce vol entre MR 2 et MR 3. Le principal problème venait une mauvaise régulation d'une valve dans le circuit du générateur qui augmentait la vitesse de rotation des turbopompes. En plus, des charges aérodynamiques importantes avaient été enregistrés au sommet du lanceur. L'ajout d'un ballast résolva le problème. Le vol MR BD dure 8 mn 23 s, le BP culminant à 183 km d'altitude. L'ensemble lanceur BP retombe en mer à 494 km des cotes. La voie est ouverte pour le vol de Shepard MR 3.

Mercury-Atlas 3 est lancé le 25 avril 1961 pour tester la cabine et le lanceur Atlas. Le décollage a lieu à 16 h 15 TU du LC 14. Mais le vol se termine 43 secondes plus tard avec la destruction du lanceur 100 D. La tour LES éjecte la cabine n°8 (1179 kg) qui retombe 1800 m plus loin après avoir culminer à 7 km d'altitude durant plus de 7 minutes. Elle est récupérée intacte 20 minutes plus tard. La cabine n°8 volera sur MA 4 comme cabine n° 8A.

Little Joe 5B est le dernier vol pour tester la tour LES. Le SC 14A est lancé le 28 avril 1961 et gagne une altitude de 4,5 km. la mission dure 5 mn 28 s, la vitesse atteint 2800 km-h. La cabine est récupéré après une "rentrée" de 10g. La cabine est récupéré en mer et depuis exposé au Virginia Air and Space Center.

Mercury-Atlas 4 permet la première mise en orbite d'une cabine Mercury. L'Atlas 88 D est lancé le 13 septembre 1961 du LC 14 à 14 h 09 TU. A bord du vaisseau n°8A se trouve un simulateur humain (avec système de support vie, contrôle environnemental, trois caméras et instrumentation de vol). Le vol permet de tester le réseau de poursuite au sol lors d'une orbite autour de la terre. Deux magnétophones avec des voies enregistrées permettent de suivre le vaisseau pendant son périple. Le vol est "nominal". Les caméras embarquées permettent de voir des vues de la terre. L'amerrissage a lieu au large des Bermudes. La cabine est récupérée 1 h 22 mn après par le porte avion Decatur.  
En 1976, le NASM de Washington la détruira pour récupérer des pièces de rechange.

Le 5 mai 1961, la NASA propose d'utiliser un lanceur Scout afin d'évaluer les performances du réseau de poursuite au sol en préparation du premier vol habité. Le premier vol est nommé MS 1. Le réseau de poursuite au sol est composé d'une série de stations d'écoute, de bateau répartis autour de la terre le long de l'équateur pour suivre les cabines en vol. Lorsque la cabine passe au dessus d'une station, elle est courte liaison "voix" et "télémétrie" par la HF, la VHF et l'UHF ainsi que les bandes radar C et S. Entre les stations, elle est "écoutée" par les ondes HF. Le concept de station de poursuite est né le 24 mai. Le 13 juin, le NASA Space Task Group demande d'utiliser des lanceurs Scout pour "tester" ces liaisons. Les 67,5 kg du satellite MS 1 ont la forme d'une petite boite rectangulaire. A l'intérieur, émetteurs, récepteurs en bandes C et S et des batteries de 1500 Wh. Pour économiser l'électricité, le satellite est mis hors tension depuis le sol à la fin de la 3eme orbite pour être réanimer au début de la 6eme et cela trois fois de suite, correspondant à trois vols orbitaux réels.

La NASA  modifie un lanceur Blue Scout de l'USAF (D-8) pour sa première mission Mercury. MS est lancé le 1 novembre 1961 du LC 18B de Cap Canaveral. Mais 30 secondes après le décollage, le lanceur est détruit par le service de sécurité suite à un problème sur le premier étage. Le programme est ensuite annulé, les vols MA 4 et 5 ayant validé les stations du réseau de poursuite de la NASA.